食品檢驗的基本步驟為：樣品的采集；樣品的處理；樣品的分析檢測；分析結果的記錄與處理四個階段。
1、樣品的采集
樣品的采集又稱采樣、樣品的制備，是指抽取有一定代表性的樣品，供分析化驗用。樣品的采集一般包括三個內容：即抽樣、取樣和制樣。采樣時必須注意樣品的生產日期、批號、代表性和均勻性。采樣數量應能滿足檢驗項目對試樣量的需要，采樣容器根據檢驗項目，選用硬質玻璃瓶或聚乙烯制品。
采樣一般步驟為：①原始樣的采集；②原始樣的混合；③縮分原始樣至需要的量。對于不同的樣品應采用不同的方法進行樣品的采集。
液體樣品的采集：對于大型桶裝、罐裝的樣品，可采用虹吸法分別吸取上、中、下層樣品各0.5L，混勻后取0.5~1.0L。對于大池裝樣品可在池的四角、中心各上、中、下三層分別采樣0.5L，充分混勻后取0.5~1.0L。
固體樣品的采集：應充分均勻各部位樣品的原始樣，以使樣品具有均勻性和代表性。對于大塊的樣品，應切割成小塊或粉碎、過篩、粉碎，過篩時不能有物料的損失和飛濺，并全部過篩，然后將原始樣品充分混勻后，采用四分法進行縮分，一直至需要的樣品量，一般為0.5~1.0kg。
四分法的操作步驟為：先將樣品充分混合后堆積成圓錐形，然后從圓錐的頂部向下壓，使樣品被壓成75px以內的厚度，然后從樣品頂部中心按“十”字型均勻地劃分成四部分，取對角的兩部分樣品混勻，如樣品的量達到需要的量即可作為分析用樣品。如樣品的量仍大于需要的量，則繼續按上述方法進行縮分，一直縮分到樣品需要量。
采樣后要立即密塞、貼上標簽，并認真填寫采樣記錄。采樣記錄須寫明樣品的名稱、采樣單位、地址、日期、樣品批號或編號、采樣條件、包裝情況、采樣數量、檢驗項目及采樣人。樣品應按不同的檢驗項目妥善包裝、保管。
一般樣品在檢驗結束后，應保留一個月，以備需要時復檢。易變質食品不予保留。保存時應加封并盡量保持原狀。為防止樣品在保存中受潮、風干、變質，保證樣品的外觀和化學組成不發生變化，一般需要冷藏、避光保存。檢驗取樣一般取可食部分，以所檢驗的樣品計算。感官判斷不合格的樣品不必進行理化檢驗，直接判為不合格產品。
外地調入的食品應結合運貨單、獸醫衛生人員證明、商品檢驗機關或衛生部門的衛生許可證、生產許可證及檢驗合格證或化驗單，了解起運日期、來源地點、數量、品質及包裝情況，如在食品工廠、倉庫或商店采樣時，應了解食品的批號、制造日期、廠方化驗記錄及現場衛生狀況，同時應注意食品的運輸、保管條件、外觀、包裝容器等情況。
2、樣品的處理
樣品中往往含有一定的雜質或其他干擾分析的成分，影響分析結果的正確性，所以在分析檢驗前，應根據樣品的性質特點、分析方法的原理和特點，以及被測物和干擾物的性質差異，使用不同的方法，把被測物與干擾物分離，或使干擾物分離除去，從而使分析測定得到理想的結果。
樣品處理的常用方法有：
①溶劑萃取法：其原理是利用被測物與干擾物溶解性的不同將它們分開。如棒曲霉**的測定，常用有機溶劑抽提棒曲霉**，然后再用高效液相色譜法測定。此法操作簡單、分離效果好，但萃取劑常易揮發、易燃、易爆且具有毒性，所以操作時應加以注意。
②有機質分解法：其原理是利用高溫處理，將樣品中的有機質氧化分解，其中C、H、O元素以CO2和H2O逸出，被測的金屬元素等成分被釋放出來，以利進一步測定。具體方法有干法灰化和濕法消化兩種。
干法灰化是將試樣放置在坩堝中，先在低溫小火下炭化，除去水分、黑煙后，再在高溫爐中以500~600℃的高溫灰化至無黑色炭粒。如果樣品不易灰化完全，可先用少量HNO3潤濕試樣，蒸干后再進行灰化，必要時也可加NH4NO3、NaNO3等助灰化劑一同灰化，以促進灰化完全，縮短灰化時間，減少易揮發性金屬(如Hg)的損失。灰化后的灰分應為白色淺灰白色。這種方法有機質破壞徹底，操作簡便，空白值小，常用于樣品中灰分的測定，但操作的時間較長。
濕法消化是在強酸性溶液中，利用H2SO4、HNO3、H2O2等氧化劑的氧化能力使有機質分解，被測的金屬以離子狀態*后留在溶液中，溶液經冷卻定容后供測定使用。這種方法在溶液中進行，加熱的溫度較干法灰化的溫度要低，反應較緩和，金屬揮發損失較少，常用于樣品中金屬元素的測定。消化過程中會產生大量的有害氣體，因此消化操作應在通風櫥或通風條件較好的地方進行。由于操作過程中添加了大量的試劑，容易引入較多的雜質，所以在消化的同時，應做空白試驗，以消除試劑等引入的雜質的誤差。
③蒸餾法：蒸餾法是利用被測物質中各組分揮發性的差異來進行分離的方法。既可以除去干擾組分，也可以用于被測組分蒸餾逸出，收集餾出液進行分析。如常量凱氏定氮法測蛋白質含量，就是將蛋白質消化處理后，轉變為揮發性氮，再進行蒸餾，用HBO3吸收餾出的氨，然后測出吸收液中氨的含量，再換算成蛋白質的含量。
蒸餾時加熱的方法可以根據被蒸餾物質的沸點和特性來確定，被蒸餾的物質性質穩定、不易爆炸或燃燒時，可用電爐直接加熱。對沸點小于90℃的蒸餾物，可用水浴；沸點高于90℃的液體，可用油浴、沙浴、鹽浴法。對于一些被測成分，常壓加熱蒸餾容易分解的，可采用減壓蒸餾，一般用真空泵或水力噴射泵進行減壓。
對某些具有一定蒸汽壓的有機成分，常用水蒸氣蒸餾法進行分離。如白酒中揮發酸的測定，在水蒸氣蒸餾時，揮發酸與水蒸氣按分有壓成正比地從樣品溶液中一起蒸餾出來，從而加速了揮發酸的蒸餾。
④鹽析法：利用向溶液中加入某種無機鹽，使溶質在原溶劑中的溶解度大大降低，而從溶液中沉淀析出，這種方法叫鹽析。如在蛋白質溶液中，加入大量的鹽類，特別是加入重金屬鹽，使蛋白質從溶液中沉淀出來。在進行鹽析操作時，應注意溶液中所要加入的物質的選擇應是不會破壞溶液中所要析出的物質，否則達不到鹽析提取的目的。
⑤化學分離法主要有以下幾種方法：
a、磺化法和皂化法：常用來處理油脂或含脂肪的樣品。例如，農藥殘留分析和脂溶性維生素測定中，油脂被濃H2SO4磺化或被堿皂化，由憎水性變成親水性，使油脂中需檢測的非極性物質能夠較容易地被非極性或弱極性的溶劑提取出來。
b、沉淀分離法：是利用沉淀反應進行分離的方法。在試樣中加入適量的沉淀劑，使被測物質沉淀出來，或將干擾沉淀除去，從而達到分離的目的。
c、掩蔽法：利用掩蔽劑與樣液中干擾成分作用使干擾成分轉變為不干擾成分，即被掩蔽起來。這種方法可以在不經過分離干擾成分的操作條件下消除其干擾作用，簡化分析步驟，因而在食品分析中應用廣泛，常用于金屬元素的測定。
⑥澄清和脫色：澄清是用來分離樣品中的渾濁物質，以消除其對分析測定的影響。通常采用澄清劑，使渾濁物質與其作用沉淀，從而將渾濁物質除去。澄清劑應不和被測組分或不影響被測組分的分析。脫色是使樣品中易對測定結果產生干擾的有色物質進行去除，以消除干擾的方法。通常可采用脫色劑來進行。常用的脫色劑有：活性炭、白土等。
⑦色層分離法(又稱為色譜分離法)：是一種在載體上進行物質分離的方法的總稱。根據分離的原理的不同，可分為吸附色層分離、分配色層分離和離子交換色層分離等。這類方法分離效果好，在食品分析中的應用逐漸廣泛。
⑧濃縮：食品樣品經提取、凈化后，有時凈化后的溶液體積較大，在測定前需進行濃縮，以提高被測成分的濃度。常用的濃縮方法有常壓和減壓濃縮法兩種。其主要原理是利用在特定的條件下物質中水分的蒸汽壓大于空氣的分壓，使水分從樣品中逸散，從而將樣品濃縮。
3、樣品的分析檢測
樣品的分析檢測方法很多，同一檢測項目可以采用不同的方法進行測定，選擇檢測方法時，應根據樣品的性質特點，被測組分的含量多少，以及干擾組分的情況，采取*適宜的分析方法，既要簡便又要準確快速。食品檢驗主要分析的對象是樣品中已明確的待檢成分。果汁生產中的分析方法一般較為固定。具體檢測方法將在后各面介紹。
4、分析結果的記錄與處理
分析結果應準確記錄，并按規定的方法進行處理，用正確的方式表示，才能確保分析結果的*終正確性，具體方法在后面詳細介紹。
對于結果的表述，平行樣的測定值報告其算術平均值，一般測定值的有效數字的數位應能滿足衛生標準的要求，甚至高于衛生標準的要求，報告結果應比衛生標準多一位有效數字，如鉛的含量，衛生標準為1mg/kg；報告值應為1.0 mg/kg。